سرطان مثانه اغلب در سلول‌هایی موسوم به سلول‌های اروتلیال که داخل مثانه را پوشانده‌اند، شروع می‌شود. سلول‌های اروتلیال علاوه بر مثانه در کلیه‌ها و لوله‌های حالب یافت می‌شوند. به‌این‌ترتیب سرطان اروتلیال ممکن است در کلیه و حالب‌ها نیز اتفاق بیافتد، اما ایجاد آن در مثانه شیوع بیشتری دارد.